PanGu五人組還剩四人，他們氣急敗壞立即聯繫杜長峯，將事情彙報，杜長峯利用職權制作一份假情報，誤導時任基地最高領導古興國，古興國簽署命令，責令基地空軍前往玉天市安全所發動空.襲。
在這場空襲中，蒙先生和佈雷亞僥倖脫逃，而Simon卻葬身於此。蒙先生令佈雷亞攜帶D病毒抗體U盤離開我國，自己則前往青洋市基地，伺機對PanGu四人及杜長峯發動報復行動。
空.襲中受到牽連的還有我的隊伍，在漫天的炮火聲中，雷羽被倒塌的石柱壓死，蘇柒被地下停車場的怪物咬死，狄巖和小雨失散，葉子被喪屍咬傷，爲了讓我和林月還有學長三人順利逃走，她獨自引開了空中的烏鴉羣，最後也因此而死。
逃亡中，我體力不支倒下了，昏迷期間林月殺死了對她圖謀不軌的學長，獨自帶着我逃亡。
在一家快捷酒店中，我身體恢復醒來後再沒看見林月，只發現了林月紙條上的遺言，隨後纔在對面房間發現自鎖在衛生間裏的女孩。
一把大火燒盡了酒店，也燒盡我所有生的希望，在遊蕩中我再次遇到了久違的敖翔，趴在他的懷中嚎啕大哭。
被敖翔救下後，他隊伍裏的趙欣月照顧了我一陣，我醒來卻像個生人勿進的刺蝟，用言語和肢體傷害着每一個接近我的人。
離開的敖翔的隊伍，我一個人奔着死的想法到處遊蕩，甚至一度站在高樓窗口，思考要不要跳下去，最終還是退縮了。
在陰暗人格崩潰的這段時間，另一層人格重新出來掌控了我的意識。爲了生存，我偷食物搶飲水，爲了一口糧食我可以卑賤到沒有底線，直到我遇上了一隻大黃狗，開始相互結伴。
隨後我回到了當初隊伍遭到空.襲的地方，獨自一人面對咬死蘇柒的那種長毛怪，費勁全力殺死了他，這一戰讓我重新拾回自信，以及生存下去的動力。
這段時間，敖翔和他的隊伍到達了青洋市人類基地，其後不久便參加了基地搜索隊，並且結識了基地天使郭雅，以及吳炳昊，並將吳收爲助手。
青洋市人類基地遭遇屍羣攻城，兩座由內陸通往基地西部正門的跨河大橋，其中一座成爲屍羣主要到達基地城門下的通路，基地搜索隊原隊長意圖.炸.毀大橋未遂而犧牲，敖翔吳炳昊兩人冒死前往大橋將其.炸.毀，敖翔因此成爲基地的英雄，流芳百里。
青洋市人類基地經此一役，時任最高領導古興國離奇死亡，隨後由其前祕書杜長峯接任基地領導，並未經BJ同意便擅自提升參謀長楊革平爲少將，主管基地.軍.務。PanGu五人組在杜長峯的支持下建立了祕密研究所，專項研究D病毒進化理論。
冥燕博士在青洋市基地繼續研究D病毒抗體，而後發現有人利用她的研究非法研製D病毒進化事宜，並在各大醫院暗中轉移無名屍體進行人體實驗，冥燕博士無法容忍這種喪盡天良的行爲，盜取了一切有關抗體和進化的資料，逃出實驗室。
逃亡中的冥燕博士找到了我的父親石傲雄，將資料交託給他，自己再次逃走，卻在逃亡中不幸死亡。
我爸得知了基地暗中的勾當，和同伴們一起建立了生命守衛聯盟，暗中對抗杜長峯和PanGu組織，保護D病毒相關資料。
在玉天市，我和黃狗相依爲命生活了一陣子，之後遇到了被人挾持的竇洋，救下她以後得知在玉天市南部有一個安全據點。和竇洋一起前往安全據點，玉天市海港家灣酒店。
到達酒店後我得知竇洋是據點領導人竇長生的孫女，藉由這一層關係我在酒店得到了良好的休憩。
在這裏我再次遇到了劉筱天和李曉雨，還有就是高小涵，得知他曾和彭妙一起逃到這裏，但是後來彭妙墜樓身亡，原因定性爲自殺。
在一路追查下，我們得知，因爲彭妙知道一處祕密地點，是他丈夫雷羽當年藏匿槍支的武器庫，酒店守衛隊大隊長歐陽羽爲了得到這批武器，開始循循善誘希望彭妙能交待實情，但彭妙閉口不言，歐陽羽的弟弟歐陽德性情暴虐，強硬逼迫彭妙就範，最終導致彭妙跳樓身亡。
我被安排進了酒店的搜索隊負責外出搜尋倖存者和食物的任務，意外得知，隊中女孩時蕾和代號奧迪的維修工，兩人的家都在山風市，曾經在結伴逃離山風時被喪屍圍困在一個醫院頂樓，後來有個傻小子在外面按響汽車喇叭引走一部分喪屍，這才幫助他們脫困，我直言那個傻小子就是我。有了這一層關係，大家又親近了幾分。
一次任務中，搜索隊遭到重創，多名隊員身亡，後來得知襲擊我們的人是歐陽羽在外面培養的勢力，目的就是要擊潰搜索隊，再內外夾攻酒店，以奪取竇長生的政權，如果放任不管，將來酒店就要成爲歐陽兄弟的天下了。
我開始着手策劃消滅歐陽兄弟的計劃，搜索隊逐漸依據我的安排開展行動，在我取得歐陽羽的信任後，我們發動了總攻，奪下了酒店控制權，殺死了歐陽兄弟，可惜劉筱天在行動中不幸身亡。
在此我還認識了小七的親生弟弟，沈劍。
我和王威、楊世玉三人成爲酒店新一屆的領導人，竇長生和竇洋被直升機送往青洋市的人類基地。
經營酒店近一年後，我得知了父親在青洋市人類基地出現的消息，並且和小七同樣成爲了通緝犯，於是我立刻着手準備前往青洋市。
準備出發的日子，青洋市派張瑋兵連長前來抓我回去問話，他手下的兵也是曾經孟奇班長的士兵，因爲孟奇死亡一事對我的態度由善轉惡。我着人將張瑋兵一衆抓了起來，就在這時，喪夫心切的李曉雨對我扣下了扳機。
受傷的我被緊接處理後擡上直升機送往青洋市基地，途中飛機失事墜毀，我被男青年陸裏橋和女孩石嘉倩救回了一個山林營地，醒來後發現自己已經失憶，陸裏橋和石嘉倩爲我取名石小七。
之後營地裏遭到了喪屍襲擊，逃離後的我們來到玉天東部都昌市的一個人類據點，在此我遇到了舊識劉淼，但已經不認得她了。
劉淼通過欺騙獲取了我的信任，帶我逃離據點，兩個人找了一處平房區安頓下來，過了一段簡單快樂的日子，隨後劉淼良心發現，主動吐露當年發生的事情，最終因病而亡。
我再次踏上旅程，直奔青洋市人類基地。
到了基地之後，我在檢疫所結識了同屋的九個弟兄，離開檢疫所後，我和老八老十兩個兄弟被安排在同一個住宅房內。此時我仍然沒有恢復記憶，但基地中已經有多股勢力發現我的到來，開始密切注意我的行動，爲的是通過我找到我的父親，得到他手中的一份有關病毒研究的祕密資料。